Dal borgo che anticamente si limitava a pochi nuclei abitativi situati ai piedi delle colline, il paese attuale, adagiato sulla costa, si è formato tra il XV e il XVI secolo, seppur tra molte difficoltà per le incursioni piratesche lungo la costa ligure, tanto che nella seconda metà del '500 venne costruito un castello a protezione dell'abitato.

La prima fila di case edificate è probabilmente quella situata proprio sotto il castello e va dalla località Roso fino al torrente San Giorgio. Verso la fine del '500 sorse un altro gruppo di costruzioni, disposte parallelamente alle prime. Nel '700 vennero costruite le case prospicienti la marina.

La presenza dell'uomo nella valle di Bonassola risale a prima dell'invasione di Roma ed è iniziata probabilmente nella zona occidentale della valle (Reggimonti e Montaretto); solo verso il XII secolo ha interessato anche quella ad oriente (Scernio). Una conferma delle origini medievali di Reggimonti si avrebbe peraltro dal fatto che il toponimo dovrebbe indicare il possesso regio delle pendici montuose. Da un rilevamento del 1531 risulta che gli abitanti di Bonassola erano prevalentemente mercanti di vino, marinai e agricoltori. Le principali produzioni agricole erano l'olio, le castagne, il vino; quest'ultimo veniva anche esportato.

Possedimento dei signori Da Passano, Bonassola nel XIII secolo passò sotto il dominio della Repubblica di Genova. La barocca chiesa di Santa Caterina, consacrata nel 1668, ha un ricco apparato interno in contrapposizione con la sobrietà della facciata e del campanile: marmi policromi, quadri e statue lignee di scuola genovese, reliquiari e suppellettili argentei, nonché la cassa processionale della Madonna del Rosario (scuola del Maragliano).

Le pittoresche frazioni della costa, con le alte case coloratissime, dominanti sul panorama, offrono interessanti scorci di volte, portali, androni. La cappella della Madonnina della Punta, costruita intorno alla fine del '600, sorge su un promontorio, uno degli angoli più caratteristici di Bonassola, da cui si gode un incantevole panorama che da punta Mesco arriva al promontorio di Portofino. Da segnalare la cinquecentesca chiesa del paese di San Giorgio e poco più sopra Torre Arduino, ciò che resta di un cinquecentesco presidio difensivo contro i pirati, che prende il nome dai signorotti locali.